Создал новое научно-философское направление «методология мышления», которое существует на стыке нейрофизиологии, социальной психологии, когнитивистики и современной философии сознания. Знания методологии мышления лежат в основе запущенного им проекта Академия смысла, где участники обучаются технологиям эффективного мышления.

Андрей Курпатов написал более 100 научных работ и монографий в области психотерапии, пограничной психиатрии, психодиагностики, психофизиологии, психосоматики. Создал психотерапевтическое направление «системная поведенческая психотерапия».

Научно-популярные книги Андрея Курпатова изданы тиражом более 5 млн экземпляров и переведены на 8 языков.

Среди бестселлеров "Красная таблетка. Посмотри правде в глаза!", посвященная работе мозга, и "Четвертая мировая война. Будущее уже рядом!" о проблемах и рисках, связанных со стремительным развитием современных технологий.

Кроме этого, Андрей Курпатов изучает влияние агрессивной информационной среды на мышление и психику человека. Более 50 его статей, посвященных темам цифровой зависимости и информационной псевдодебильности, опубликованы в различных изданиях.